一、阿赖耶识转与生灭问题。
兄言：通常讲“识”用“转”，如转识成智；讲种子，言生灭。
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这两种说法实际是一致的。如果说阿赖耶识就是种子，本来是一回事的话，转识成智，就是说识和智都是有生灭变化的，为什么呢？识可以转，就证明它是有生灭变化的，如果识没有生灭的变化，它就没法转变成智了。智是识转成的、生成的，就说明智也是有生灭变化的，如果智是不生不灭的，那识也就不能转变成智了。所以说，转识成智，正是说明识和智都是有生灭变化的，其中没有矛盾。 二、种子和第八识的关系
种子和第八识的关系：一、体用门的关系：以第八识为体，种子为用的关系。
二、因果门的关系：以种子为因，第八为果的关系。
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我觉得这两种说法都不准确。第八识和种子是一回事，都是体，其作用是能生起现行万法。第八识和种子都是名词，其作用应该是个动词，所以不能说种子就是用。种子就是种子，又不是一种动作，把它叫做“生果功能”，也还是名词，是说它是有这种功能的一种东西，怎么能说种子就是作用呢？
说“种子为因，第八为果”就更不对了。它俩本来就是一个东西，怎么会有因果关系呢？下面解释说：“第八是现行，种子是生因，故两者间有因果关连。”第八识是种子，不是现行，这是明显的错误。现行是前七识，说它是种子的果才对。
三、关于八识中的“和合”。
此和合为“本有种”和“新熏种”。千兄以为此义如何？
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“本有种”和“新熏种”一样都是有生灭变化的，“本有种”也是能生起现行的，否则它就没有资格被叫做种子了。所以它们的和合也还是有生灭的有为法之间的和合，而与无为法没有关系。
另外，“本有种”也一定是由现行熏习而形成的，为了说明这一点，我把以前的一段讨论贴在下面供参考。
种子，更准确的名字叫习气，习气，就是熏习才会有的意思，长期的熏染，所以叫习气，我们所有的起心动念都有熏习的作用，种子都是这么形成的。所谓种子是新熏的还是本有的争论，是在种子的来源上说的，有人认为种子是本来就有的，后来的熏习只是起增盛种子使它们能够现行的作用，有人认为种子都是新熏的，还有人认为种子有两种，有些是本有的，有些是新熏的。为什么有人说种子是本有的呢？他们是依据经论提出来的：
《无尽意经》：“一切有情无始时来，有种种界，如恶叉聚，法尔而有。”
《阿毗达磨经》：“无始时来界，一切法等依。”
《瑜伽师地论》：“诸种子体，无始时来，性虽本有，而由染净新所熏发。”
我理解佛说的本有种子，是在无始时来的意义上说的。时间是假安立的，我们凡夫的思维不能想像出时间的开始是什么样子，若时间有始，就必有之前的什么存在，否则就成无因论了。所以佛告诉我们说时间无始，讲什么都说“无始以来”，时间既然无始，我们的熏习也就是无始以来就有的，我们阿赖耶识中的种子也就是无始以来就有的，所以说种子无始以来本来就有，与它们是无始以来熏习而成的并不矛盾，只是在时间长短的意义上不同的说法，相对于较近新熏的种子来说，无始以来早已熏习成的种子就叫做本来就有的，对于存在时间较长的种子来说，后来熏习的就叫做新熏种子，字面上好像性质不同，实际上只是存在时间长短的差别。